• Upravni odbor
• Direktor
• Savjetodavno vijeće
• Znanstveno vijeće i
• Znanstveni  odbori

Agencijom upravlja direktor u saradnji sa zamjenikom direktora i sekretarom u skladu sa Zakonom i Pravilnikom o unutaršnjoj organizaciji Agencije i drugim opštim aktima. Direktora i zamjenika direktora Agencije imenuje Vijeće ministara Bosne i Hercegovine na prijedlog predsjedavajućeg Vijeća ministara, u skladu sa Zakonom o državnoj službi  u institucijama Bosne i Hercegovine. Mandat direktora i zamjenika direktora traje četiri godine s tim da na istu funkciju mogu biti imenovani još jedan mandat.